Xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa

Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan Hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan Thuế.

Công ty TNHH vận tải và thương mại Ánh Dương đề nghị cơ quan Hải quan hướng dẫn quy định xử lý đối với trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của loại hình nhập khẩu A11 do doanh nghiệp nộp trùng tiền thuế giá trị gia tăng cho cùng một tờ khai hải quan. Trong đó, năm phát sinh số tiền nộp thừa khác với năm đề nghị hoàn thuế và hồ sơ được ký, nộp trên Hệ thống miễn giảm hoàn sau ngày Thông tư số 86/2026/TT-BTC có hiệu lực.

Ngoài ra, Công ty TNHH vận tải và thương mại Ánh Dương đề nghị hướng dẫn quy định xử lý đối với các hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống miễn giảm hoàn đã được ký, nộp trước ngày 30/6/2026. Đồng thời hướng dẫn trường hợp hồ sơ miễn giảm hoàn của Công ty TNHH vận tải và thương mại Ánh Dương đang bị treo vô thời hạn thì công ty có được khai mới hồ sơ miễn giảm hoàn khác có cùng nội dung để đáp ứng mốc thời gian nộp hồ sơ sau ngày hiệu lực của Thông tư số 86/2026/TT-BTC không?

Về vấn đề này, căn cứ khoản 4 Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC (có hiệu lực ngày 5/6/2018) quy định: “Đối với tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn theo quy định tại khoản 2 điều này, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai với cơ quan Thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan Hải quan hoàn theo quy định của pháp luật. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan Hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan Thuế”.

Tại khoản 3 Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 60 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 1/2/2026) quy định: “Đối với tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn theo quy định tại khoản 1 điều này, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh với cơ quan Thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ trước khi đề nghị cơ quan Hải quan hoàn theo quy định. Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan Hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan Thuế”.

Điều 7 Thông tư số 86/2026/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 1/7/2026) quy định: “Tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 15 Luật số 108/2025/QH15. Trong một số trường hợp, việc xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được thực hiện như sau: Thuế xuất nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế giá trị gia tăng khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp nhầm, cơ quan Hải quan hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định tại điều này…

Xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu. Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa khi nhập khẩu hàng hóa và đã thực hiện kê khai khấu trừ số tiền thuế nộp thừa với cơ quan Thuế, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan Hải quan hoàn với cơ quan Thuế nơi quản lý người nộp thuế.

Cơ quan Hải quan ban hành quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa đối với trường hợp quy định tại điểm a, c, khoản 1 và điểm a khoản 2 điều này, gửi quyết định hoàn thuế cho cơ quan Thuế quản lý người nộp thuế để cơ quan Thuế làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có)”.

Theo cơ quan Hải quan, từ ngày 1/7/2026, hồ sơ, thủ tục xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 7 Thông tư số 86/2026/TT-BTC.

Cục Hải quan nhấn mạnh, tại văn bản đề nghị của Công ty TNHH vận tải và thương mại Ánh Dương không trình bày cụ thể thời gian phát sinh vướng mắc khi đề nghị xử lý tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa nên cơ quan Hải quan chưa có cơ sở để hướng dẫn cụ thể.

Cục Hải quan đề nghị công ty nghiên cứu quy định tại các văn bản hiện hành hoặc liên hệ với cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai để được hướng dẫn cụ thể.