Doanh nghiệp mua bán nông sản: Trường hợp nào được khấu trừ thuế GTGT?

Khung pháp lý dần hoàn thiện

Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/7/2025 quy định thuế suất, đối tượng chịu thuế và nguyên tắc khấu trừ thuế đầu vào. Theo đó, mức thuế suất 5% được áp dụng với hàng hóa, dịch vụ gồm cả sản phẩm cây trồng, rừng trồng (trừ gỗ, măng), chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, trừ sản phẩm quy định tại khoản 1 Điều 5 của Luật này.

Trong khi đó, mức thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này, bao gồm cả dịch vụ được các nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam cung cấp cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam qua kênh thương mại điện tử và các nền tảng số.

Để làm rõ luật, Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn chi tiết Luật thuế GTGT đã giải thích thế nào được coi là “chưa chế biến” hoặc “chỉ qua sơ chế thông thường”. Nghị định cũng quy định rõ đối tượng không chịu thuế bao gồm sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Mức thuế suất 5% được áp dụng với sản phẩm cây trồng, rừng trồng (trừ gỗ, măng), chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế

Trong đó, các sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường là các sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay xát, xay vỡ mảnh, nghiên vỡ mảnh, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, xay, đánh bóng hạt, gỗ hạt, chia tách ra từng phần, bỏ xương, băm, lột da, nghiền, cán mỏng, ướp muối, đóng hộp kín khí, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfurơ, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác.

Trường hợp không xác định được thì Bộ Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm căn cứ vào quy trình sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt do người nộp thuế cung cấp để xác định là sản phẩm chưa chế biển thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu theo quy định của pháp luật.

Cuối năm 2025, Nghị định 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trong đó có nội dung liên quan tới cơ chế không phải kê khai, tính nộp nhưng được khấu trừ cho giao dịch giữa doanh nghiệp, hợp tác xã với nhau.

Theo Nghị định 359/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Tuy nhiên, trường hợp đã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu từ bán sản phẩm cho các đối tượng như hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5% quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định này.

Cùng với đó, Thông tư Thông tư số 84/2025/TT-BNNMT ngày 31/12/2025 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường cũng tham gia làm rõ khái niệm với các dẫn chứng về sản phẩm sơ chế như gỗ sơ chế, các phương thức phơi, sấy, bóc vỏ, đóng gói, bảo quản...

Gỡ vướng cho doanh nghiệp nông sản

Theo các quy định hiện hành về thuế GTGT, sau khi các quy định được sửa đổi và cụ thế hóa tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP, nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động mua bán nông sản đã được làm rõ hơn. Qua đó, góp phần tháo gỡ nhiều vướng mắc cho doanh nghiệp trong khâu thương mại.

Từ góc độ thị trường, cơ chế cho phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong giao dịch giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp, giúp giảm chi phí thực tế, hạn chế tình trạng “thuế chồng thuế”, hỗ trợ doanh nghiệp chủ động hơn trong xây dựng giá bán và nâng cao năng lực cạnh tranh. Đây cũng là giải pháp khuyến khích hình thành chuỗi cung ứng nông sản theo hướng chuyên nghiệp, gắn sản xuất với thương mại và phân phối.

Mức thuế suất thuế GTGT đối với hàng hóa chưa chế biến hoặc sơ chế còn căn cứ vào đối tượng mua hàng

Tuy nhiên, để được khấu trừ thuế, doanh nghiệp cần đáp ứng yêu cầu chặt chẽ về hồ sơ, chứng từ; trong đó, triển khai hóa đơn điện tử hợp lệ, hợp đồng mua bán, chứng từ vận chuyển, biên bản giao nhận… là căn cứ bắt buộc để chứng minh quyền khấu trừ cho doanh nghiệp.

Đồng thời, cần làm rõ bản chất hàng hóa là chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường; nếu hồ sơ không đầy đủ hoặc không nhất quán, nguy cơ bị loại chi phí, truy thu và xử phạt là rất lớn.

Một điểm đáng lưu ý khác là việc phân loại khách hàng, bởi chỉ cần xác định sai đối tượng mua hàng (doanh nghiệp hay hộ, cá nhân), doanh nghiệp có thể áp sai thuế suất, dẫn đến rủi ro pháp lý; do đó, việc lưu trữ hồ sơ pháp lý của khách hàng và phân loại rõ ràng ngay từ khâu bán hàng là yêu cầu bắt buộc.

Khi phát sinh vấn đề về tính chất sản phẩm, cơ quan Thuế hoặc cơ quan quản lý chuyên ngành có thể yêu cầu doanh nghiệp giải trình chi tiết, cung cấp quy trình sản xuất, tài liệu kỹ thuật…, doanh nghiệp cần chủ động chuẩn bị hồ sơ ngay từ đầu, tránh thế bị động khi phát sinh kiểm tra.

Để hạn chế rủi ro và tận dụng đúng chính sách ưu đãi thuế GTGT, doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ chuỗi chứng từ, bảo đảm hóa đơn, hợp đồng, biên bản giao nhận, phiếu cân, tem mã truy xuất… được lập đầy đủ và thống nhất, phân loại khách hàng rõ ràng trên hệ thống bán hàng.

Đối với những trường hợp chưa rõ ràng về mức độ sơ chế, doanh nghiệp nên chủ động xin ý kiến cơ quan chuyên môn trong lĩnh vực nông nghiệp hoặc cơ quan quản lý tại địa phương để có căn cứ pháp lý trước khi áp dụng thuế. Đồng thời, việc tham vấn cơ quan thuế là kênh quan trọng giúp doanh nghiệp áp dụng chính sách đúng quy định, tránh rủi ro trong quá trình thanh tra, kiểm tra sau này.