Thời hạn đối ứng tờ khai và chế tài hủy tự động
Điểm cốt lõi của sự thay đổi này là việc gắn kết chặt chẽ trách nhiệm giữa người xuất khẩu và người nhập khẩu thông qua hệ thống dữ liệu điện tử. Việc kiểm soát dựa trên dòng thời gian 15 ngày buộc doanh nghiệp phải chuyên nghiệp hóa quy trình phối hợp nội bộ và với đối tác, nhằm tránh các rủi ro về thuế cũng như việc bị hủy tờ khai hệ thống.
Theo quy định mới tại Điều 86 Thông tư số 121/2025/TT-BTC, thời hạn để người nhập khẩu tại chỗ hoàn thành thủ tục hải quan được ấn định là 15 ngày kể từ ngày tờ khai xuất khẩu tương ứng thông quan hoặc giải phóng hàng. Đây là cột mốc pháp lý quan trọng nhất mà cả bên bán và bên mua đều phải giám sát chặt chẽ.
Nếu quá thời hạn 15 ngày nêu trên mà người nhập khẩu vẫn chưa đăng ký tờ khai nhập khẩu đối ứng, cơ quan Hải quan sẽ thực hiện hủy tờ khai xuất khẩu tại chỗ theo quy định tại Điều 22 Thông tư số 121/2025/TT-BTC. Quy trình này cũng được áp dụng tương tự cho các giao dịch hàng hóa giữa doanh nghiệp nội địa với doanh nghiệp chế xuất hoặc giữa các doanh nghiệp chế xuất với nhau.
 |
| Công chức hải quan kiểm tra hàng hóa nhập khẩu. Ảnh: HN |
Việc bị hủy tờ khai không chỉ gây gián đoạn chuỗi cung ứng mà còn khiến doanh nghiệp mất quyền lợi về miễn thuế, hoàn thuế và ảnh hưởng xấu đến hồ sơ năng lực trên hệ thống quản lý rủi ro của ngành Hải quan.
Bên cạnh đó, trách nhiệm giao nhận hàng hóa hiện nay tuân theo nguyên tắc: Chỉ giao hàng khi có tờ khai nhập khẩu. Người xuất khẩu chỉ được phép bàn giao thực tế hàng hóa sau khi người nhập khẩu đã đăng ký tờ khai nhập khẩu tại chỗ tương ứng trên hệ thống.
Song song đó, người nhập khẩu chỉ được quyền đưa hàng hóa vào sản xuất hoặc tiêu thụ sau khi hàng hóa đó đã được thông quan hoặc giải phóng hàng. Quy định này chấm dứt hoàn toàn tình trạng giao hàng trước, hợp thức hóa chứng từ sau vốn tiềm ẩn nhiều sai phạm trong quản lý định mức.
Hồ sơ miễn thuế và yêu cầu văn bản chỉ định giao hàng
Đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ phục vụ loại hình gia công hoặc sản xuất xuất khẩu, hồ sơ hải quan đã được bổ sung các chứng từ then chốt để đảm bảo tính minh bạch của giao dịch.
Theo sửa đổi tại Điều 16 Thông tư số 121/2025/TT-BTC, người xuất khẩu tại chỗ bắt buộc phải cung cấp văn bản chỉ định giao hàng tại Việt Nam của đối tác nước ngoài. Chứng từ này đóng vai trò xác thực hàng hóa tuy lu chuyển trong nước nhưng bản chất là một giao dịch thương mại quốc tế.
Ngoài ra, doanh nghiệp phải nộp kèm thông báo hoàn thành thủ tục hải quan nhập khẩu tại chỗ (theo Mẫu số 22). Việc đồng bộ các chứng từ này giúp cơ quan hải quan có đủ căn cứ để thực hiện chính sách miễn thuế nhập khẩu cho nguyên liệu, đảm bảo hàng hóa được sử dụng đúng mục đích miễn thuế đã đăng ký. Trong thời hạn 15 ngày từ khi thông quan hàng xuất, người xuất khẩu cũng phải có trách nhiệm thông báo về thông tin tờ khai nhập đối ứng cho cơ quan hải quan quản lý trực tiếp.
Cơ chế đặc thù dành cho nhóm doanh nghiệp ưu tiên
Nhằm tạo động lực cho sự phát triển, một hành lang pháp lý thông thoáng hơn đã được dành riêng cho các doanh nghiệp ưu tiên và các đối tác liên quan. Theo đó, nếu có hoạt động mua bán, gia công, thuê mượn diễn ra thường xuyên trong một thời hạn nhất định theo cùng một đơn hàng, các bên được phép áp dụng cơ chế “giao nhận hàng trước, khai hải quan sau”.
Với mô hình này, doanh nghiệp có thể thực hiện việc giao nhận hàng hóa lần đầu sau khi đã thông báo cho cơ quan hải quan quản lý. Việc đăng ký tờ khai hải quan chính thức sẽ được thực hiện định kỳ trong thời hạn tối đa không quá 30 ngày kể từ ngày giao nhận thực tế. Một ưu đãi đáng kể khác là doanh nghiệp ưu tiên được quyền đưa hàng vào sản xuất ngay sau khi giao nhận mà không cần chờ tờ khai thông quan.
Cơ quan Hải quan sẽ thực hiện kiểm tra các chứng từ giao nhận (như hóa đơn, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ) thay vì kiểm tra thực tế hàng hóa.
Do đó, doanh nghiệp cần lưu giữ hồ sơ một cách khoa học và chịu trách nhiệm hoàn toàn về tính chính xác của các đợt giao nhận lẻ. Những cải cách này từ Thông tư số 121/2025/TT-BTC không chỉ siết chặt quản lý đối với các đơn vị chưa tuân thủ mà còn mở rộng cửa cho các doanh nghiệp uy tín tối ưu hóa dòng hàng và thời gian sản xuất.
