Trường hợp doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận khoa học công nghệ (KHCN) theo quy định của Nghị định số 13/2019/NĐ-CP thì được áp dụng ưu đãi thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP và Thông tư số 03/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính, cụ thể được miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.
Cục Thuế vừa có Công văn số 2191/CT-CS giải đáp vướng mắc tại Công văn số 5770/NBI-QLDN2 của Thuế tỉnh Ninh Bình về trường hợp xác định thời gian ưu đãi thuế TNDN của Công ty cổ phần Dược phẩm Minh Dân.
Để giải đáp vướng mắc, Cục Thuế căn cứ Luật thuế TNDN số 67/2025/QH15; Luật KHCN và đổi mới sáng tạo (ĐMST) số 93/2025/QH15; Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/2/2019 của Chính phủ quy định về doanh nghiệp KHCN; Nghị định số 268/2025/NĐ-CP ngày 14/10/2025 của Chính phủ quy định cụ thể về Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN, thẩm quyền cấp và Nghị định 320/2025/NĐ-CP ngày 25/12/2025 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN.
Cục Thuế cho biết, trường hợp doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận KHCN theo quy định của Luật KHCN và ĐMST số 93/2025/QH15 và các văn bản hướng dẫn thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo Luật thuế TNDN số 67/2025/QH15, cụ thể được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.
 |
| Cục Thuế hướng dẫn xác định thời gian ưu đãi thuế với doanh nghiệp khoa học công nghệ |
Trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN theo quy định của Nghị định số 13/2019/NĐ-CP thì được áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP và Thông tư số 03/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính, cụ thể được miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.
Theo thông tin tại hồ sơ cung cấp, mặc dù Công ty cổ phần dược phẩm Minh Dân được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ ngày 09/10/2025 (sau ngày Luật KHCN và ĐMST có hiệu lực thi hành) nhưng giấy chứng nhận do Sở KHCN tỉnh Ninh Bình cấp nên điều kiện cấp giấy và thủ tục cấp giấy vẫn thực hiện theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP.
Do đó, nếu doanh nghiệp không thực hiện cấp lại giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN theo quy định tại Nghị định số 268/2025/NĐ-CP thì chỉ được hưởng ưu đãi thuế theo quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP, cụ thể được miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.
Tuy nhiên, Cục Thuế cho biết trước khi được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN, doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện khác với mức thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm thuế 9 năm tiếp theo theo quy định của Luật thuế TNDN 2008 và các văn bản hướng dẫn thi hành (từ năm 2008 đến năm 2021).
Vì vậy, căn cứ quy định tại điểm b khoản 2 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP về xác định thời gian ưu đãi còn lại, doanh nghiệp này không được tiếp tục hưởng ưu đãi theo quy định đổi với doanh nghiệp KHCN từ năm 2025.
Cục Thuế đề nghị Thuế tỉnh Ninh Bình nắm bắt và hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng quy định.
