Lắng nghe và tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế GTGT

Ngành Thuế lắng nghe, chủ động tháo gỡ những “điểm nghẽn” trong hoàn thuế. Ảnh: Trung Kiên

Doanh nghiệp kiến nghị tháo gỡ vướng mắc

Tại hội nghị Lắng nghe và tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế GTGT diễn ra ngày 24/9, đại diện Cục Thuế cho biết, tính đến ngày 21/9/2026, cơ quan Thuế toàn quốc đã ban hành 14.508 quyết định hoàn thuế, với tổng số tiền 142.229 tỷ đồng, đạt 82% dự toán pháp lệnh và bằng 144% so với cùng kỳ. Tỷ lệ hồ sơ hoàn thuế GTGT gửi bằng phương thức điện tử đạt 99%; 87% số hồ sơ hoàn trước, kiểm sau được giải quyết trong vòng 6 ngày làm việc.

Tỷ lệ hoàn thuế xuất khẩu chiếm 91% số hồ sơ và 84% tổng số tiền; hoàn thuế dự án đầu tư chiếm 5% số hồ sơ và 16% số tiền. TP.HCM dẫn đầu cả nước với 29% số quyết định hoàn thuế tiếp đến là Đồng Nai 16%, Bắc Ninh 9%, Tây Ninh 7% và Hà Nội 6%.

Mặc dù đã đạt được những kết quả ban đầu nhưng theo phản ánh của các doanh nghiệp, hiệp hội doanh nghiệp tại hội nghị vẫn còn tình trạng hồ sơ hoàn thuế kéo dài do phải xác minh hóa đơn, chứng từ và thông tin của các nhà cung cấp.

Đại diện Hiệp hội doanh nghiệp đầu tư nước ngoài chia sẻ những vướng mắc trong công tác hoàn thuế. Ảnh: Trung Kiên

Đại diện Hiệp hội Doanh nghiệp Đầu tư nước ngoài nêu vướng mắc lớn đối với doanh nghiệp FDI nằm ở khâu rà soát, xác minh chuỗi hóa đơn đầu vào. Các đối tác cung ứng nằm ở nhiều địa phương khiến việc xác minh qua lại giữa cơ quan thuế kéo dài, hồ sơ hoàn thuế của dự án có thể bị treo hoặc hoãn ra quyết định.

Hiệp hội đề xuất áp dụng cơ chế khoanh vùng rủi ro linh hoạt: nếu chỉ một số hóa đơn cụ thể phát sinh nghi vấn, cơ quan thuế có thể giữ lại phần tiền thuế tương ứng để kiểm tra, thay vì toàn bộ số tiền đề nghị hoàn của dự án.

Đại diện Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam cũng phản ánh tình trạng cơ quan Thuế địa phương áp dụng chưa thống nhất đối với gỗ nhập khẩu và gỗ xẻ sấy. Theo đó, có trường hợp doanh nghiệp vẫn phải nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu gỗ rừng trồng, nhưng khi đưa vào sản xuất đồ mộc xuất khẩu lại không được hoàn thuế. Một doanh nghiệp hội viên được phản ánh đang bị đọng hàng chục tỷ đồng.

Tại hội nghị Phó Trưởng ban Nghiệp vụ Cục Thuế bà Nguyễn Thị Thu Hường thông tin, hiện vẫn có 0,9% hồ sơ có thời gian giải quyết kéo dài hơn so với quy định.

Có 3 nguyên chính dẫn đến việc thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế kéo dài.

Một là, hồ sơ kiểm tra trước doanh nghiệp chưa chuẩn bị đầy đủ, chính xác. Khi tiếp nhận, cơ quan thuế phải yêu cầu giải trình, bổ sung hoặc doanh nghiệp tự xin gia hạn cung cấp hồ sơ.

Hai là, hồ sơ có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn, chứng từ thanh toán hoặc đối tác trung gian. Cơ quan thuế phải gửi công văn xác minh tới hải quan, ngân hàng, công an hoặc cơ quan Thuế quản lý doanh nghiệp đầu vào, khiến thời gian xử lý kéo dài.

Ba là, vướng mắc chính sách liên quan đến các cơ quan liên ngành, cần xin ý kiến trước khi giải quyết hoàn.

Gấp rút triển khai hoàn thuế GTGT tự động

Theo Cục Thuế, hiện ngành Thuế đặt mục tiêu đối với công tác hoàn thuế đó là: 100% hồ sơ hoàn thuế GTGT (xuất khẩu, đầu tư) được tiếp nhận bằng phương thức điện tử. 100% hồ sơ hoàn thuế được giải quyết đúng hạn trừ trường hợp hồ sơ có dấu hiệu gian lận, trốn thuế, tội phạm.

Để thực hiện được mục tiêu đó, ngành Thuế sẽ kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền sửa đổi các quy định hướng dẫn Luật Quản lý thuế liên quan đến nội dung hoàn thuế GTGT. Cụ thể sẽ tiếp tục hoàn thiện cơ sở pháp lý cho hoàn thuế tự động dựa trên cơ sở dữ liệu, tiêu chí quản lý rủi ro và quy trình xử lý tự động.

Đồng thời, sẽ phân loại theo số tiền rủi ro: kiểm tra rủi ro theo chuỗi hoá đơn, áp dụng luồng xanh, luồng vàng, luồng đỏ, đồng thời tách thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khỏi thời gian giải quyết hoàn.

Cơ quan Thuế sẽ nghiên cứu, đề xuất bỏ giấy đề nghị hoàn và thành phần hồ sơ đối với hoạt động xuất khẩu, dùng dữ liệu hài quan, ngân hàng xác định số được hoàn.

Bên cạnh đó, tiếp tục hoàn thiện cơ sở dữ liệu phục vụ hoàn thuế dựa trên lịch sử tuân thủ, dữ liệu rủi ro và dữ liệu của các cơ quan Hải quan, ngân hàng và các cơ quan quản lý khác.

Theo kế hoạch trong tháng 10, ngành Thuế triển khai phiên bản đầu tiên tờ khai thuế GTGT gợi ý và hoàn thiện trong quý IV năm 2026. Tờ khai gợi ý từ dữ liệu của cơ quan Thuế, liên kết trực tiếp hóa đơn điện tử để kiểm soát đầu ra, đầu vào; danh mục hóa dữ liệu chưa có thông tin.

Cùng với đó, nâng cấp hệ thống hoàn thuế GTGT tự động bao gồm: Bộ tiêu chí rủi ro khi phân loại, giải quyết, thẩm định hồ sơ (số tiền, tình trạng pháp lý, mức tuân thủ của NNT). Nâng cấp ứng dụng công nghệ thông tin trong việc: lập đề xuất và xác định số hoàn theo phân tích chuỗi hóa đơn; tự động xác định số hoàn, kiểm soát từng bước.

Mục tiêu cao nhất là rút ngắn thời gian xử lý, giảm chi phí tuân thủ và đưa nguồn tiền hoàn thuế trở lại hoạt động sản xuất, kinh doanh nhanh hơn, đồng thời vẫn kiểm soát rủi ro gian lận và trục lợi chính sách.