Thống nhất trong việc quản lý rủi ro và phân loại hồ sơ hoàn thuế

Tách phần rủi ro, giải quyết ngay phần đủ điều kiện

Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) có tác động trực tiếp đến dòng tiền, hoạt động sản xuất, kinh doanh và xuất khẩu của doanh nghiệp. Vì vậy, việc xử lý hồ sơ đúng quy định, đồng thời tránh kéo dài thời gian giải quyết do phải xác minh rủi ro, là yêu cầu được ngành Thuế đặc biệt chú trọng.

Để đẩy nhanh quá trình hoàn thuế, Cục Thuế vừa ban hành Công văn số 6936/CT-QLTT yêu cầu cơ quan Thuế các tỉnh, thành phố thống nhất trong việc quản lý rủi ro và phân loại hồ sơ hoàn thuế. Trong đó, cần phân biệt giữa thông tin cảnh báo rủi ro; kết quả của hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ hoặc một phần số tiền có rủi ro; và kết quả kiểm tra, xác minh chính thức xác định người nộp thuế không đủ điều kiện hoặc có vi phạm.

Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, nếu hệ thống xác định chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, cơ quan Thuế thực hiện tách phần tiền này để chuyển sang diện kiểm tra trước hoàn thuế. Phần tiền còn lại nếu đủ điều kiện vẫn được tiếp tục giải quyết theo trình tự hoàn thuế trước và được hoàn thuế ngay khi đáp ứng đủ điều kiện

Cách xử lý này nhằm tránh tình trạng toàn bộ hồ sơ bị dừng hoặc chuyển sang kiểm tra trước hoàn chỉ vì một phần số tiền có dấu hiệu rủi ro.

Cục Thuế cũng yêu cầu không chờ kết quả kiểm tra, xác minh phần tiền hoàn có rủi ro để giải quyết phần tiền còn lại đã đủ điều kiện hoàn.

Đối với phần tiền thuộc diện kiểm tra trước hoàn, phạm vi yêu cầu doanh nghiệp giải trình, bổ sung hồ sơ phải gắn với nội dung và số tiền có rủi ro cần làm rõ; không mở rộng kiểm tra, xác minh ngoài phạm vi trừ trường hợp trong quá trình kiểm tra xác minh phát hiện thêm dấu hiệu rủi ro hoặc thuộc trường hợp phải kiểm tra theo quy định.

Đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn, cơ quan Thuế thực hiện trình tự kiểm tra theo quy định trên cơ sở kết quả kiểm tra, xác minh xác định rõ số tiền đủ điều kiện hoàn, không được hoàn và chưa đủ điều kiện hoàn.

Không để rủi ro một phần làm đình trệ toàn bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT

Một nội dung được doanh nghiệp quan tâm là việc xác định rủi ro trong chuỗi cung ứng. Theo hướng dẫn, người bán trực tiếp xuất hóa đơn cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế được xác định là F1. Thông tin rủi ro tại các cấp tiếp theo như F2, F3 được sử dụng làm dữ liệu đầu vào để hệ thống đánh giá và quy đổi mức độ rủi ro về F1 theo tiêu chí quản lý rủi ro.

Cục Thuế yêu cầu công chức thuế không căn cứ riêng vào cảnh báo tại F2, F3 hoặc các cấp tiếp theo để chuyển số thuế GTGT đầu vào tương ứng của doanh nghiệp mua hàng sang diện kiểm tra trước hoàn hoặc kết luận doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế. Phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro được xác định theo kết quả phân loại trên hệ thống thông tin quản lý thuế và quy định của pháp luật.

Các thông tin như người bán có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, đang làm thủ tục đóng mã số thuế, giải thể hoặc không hoạt động tại địa chỉ đăng ký là những dữ liệu phục vụ quản lý rủi ro. Những thông tin này không phải là căn cứ để kết luận giao dịch không phát sinh trên thực tế, hóa đơn không hợp pháp hoặc hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế hoặc thu hồi số thuế đã hoàn

Từ 1/1/2026: Không còn điều kiện “người bán đã nộp thuế”

Một thay đổi đáng chú ý được Cục Thuế lưu ý là quy định về điều kiện hoàn thuế từ ngày 1/1/2026.

Theo Khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 về điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”.

Như vậy, đối với các kỳ hoàn thuế thuộc phạm vi áp dụng của quy định hiện hành, việc người bán đã kê khai hoặc nộp thuế GTGT không còn là một điều kiện để xác định quyền hoàn thuế của bên mua. Đối với kỳ hoàn thuế trước ngày 1/1/2026 áp dụng các quy định pháp luật có kỳ hoàn tương ứng.

Doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định pháp luật, trong đó có các yêu cầu liên quan đến hồ sơ, hóa đơn, chứng từ thanh toán và giao dịch thực tế.

Đối với các kỳ hoàn thuế phát sinh trước ngày 1/1/2026, việc áp dụng chính sách phải căn cứ quy định pháp luật có hiệu lực tại thời điểm tương ứng.

Cục Thuế cũng lưu ý, dù điều kiện “người bán đã nộp thuế” được bãi bỏ, thông tin người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế vẫn có thể được sử dụng như một dữ liệu trong đánh giá rủi ro tổng thể và xác minh theo quy định. Tuy nhiên, thông tin này không được sử dụng riêng lẻ để kết luận doanh nghiệp bên mua không đủ điều kiện hoàn thuế.

Tăng trách nhiệm trong xử lý hồ sơ

Để hạn chế tình trạng hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài, Cục Thuế yêu cầu lãnh đạo cơ quan thuế địa phương rà soát các hồ sơ đang tồn đọng, kéo dài có liên quan đến một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro hoặc thông tin cảnh báo rủi ro của người bán, không để số tiền đã đủ điều kiện giải quyết bị kéo dài do chờ đợi xác minh rủi ro.

Trưởng thuế cơ sở cần cần giải quyết hồ sơ đúng kết quả phân loại, phân công công chức thực hiện, theo dõi thời hạn giải trình, tiến độ giải quyết, kịp thời tổng hợp, báo cáo các vướng mắc vượt thẩm quyền.

Đối với công chức trực tiếp xử lý hồ sơ, không được tự suy diễn từ cảnh báo rủi ro của người bán hoặc các “mắt xích” trong chuỗi cung ứng để thay đổi kết quả phân loại. Các yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu gửi doanh nghiệp phải đúng nội dung và phạm vi rủi ro cần làm rõ.

Về phía doanh nghiệp, việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch là yếu tố quan trọng trong quá trình hoàn thuế. Tùy từng loại hình giao dịch, doanh nghiệp cần lưu giữ hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hồ sơ vận chuyển, kho bãi, xuất nhập khẩu và các tài liệu liên quan.

Khi nhận được yêu cầu giải trình hoặc bổ sung thông tin, doanh nghiệp cần phối hợp với cơ quan thuế, cung cấp tài liệu trong thời hạn theo quy định.

Việc phân tách rõ phần tiền có rủi ro và phần tiền đủ điều kiện được hoàn được kỳ vọng góp phần hạn chế tình trạng một rủi ro cục bộ làm ảnh hưởng đến toàn bộ hồ sơ. Đồng thời, nguyên tắc này giúp việc quản lý hoàn thuế tập trung hơn vào những nội dung thực sự cần kiểm tra, xác minh, bảo đảm quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế và yêu cầu quản lý chặt chẽ của cơ quan thuế.