Thứ ba 13/10/2026 18:08
Thời tiết: Hà Nội 31°C
Đà Nẵng 27°C
Cà Mau 28°C
Hải Phòng 29°C
TP Hồ Chí Minh 27°C
e-ISSN 3093-3501
Chính sách / Diễn đàn
aa

Cần thống nhất cơ chế xử lý đối với hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào bỏ sót

Đức Mỹ (thực hiện)
Hiện nay, nhiều doanh nghiệp thắc mắc khi phát hiện hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào bị bỏ sót sau khi kỳ tính thuế đã được cơ quan Thuế kiểm tra, giải quyết hoàn thuế có được tiếp tục kê khai, khấu trừ và đề nghị hoàn hay không. Chuyên gia Trần Văn Quân, Chủ tịch Công ty TNHH Tư vấn Vietnam Laws (VNLAWS) trao đổi cùng phóng viên Tạp chí Kinh tế - Tài chính một số nội dung liên quan vấn đề này.
Cần thống nhất cơ chế xử lý đối với hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào bỏ sót
Các chuyên gia thuế kiến nghị cần thống nhất cơ chế xử lý hóa GTGT đầu vào bị bỏ sót sau khi kỳ tính thuế đã được cơ quan Thuế kiểm tra, giải quyết hoàn thuế. Ảnh: Đức Mỹ

Phóng viên: Từ thực tiễn tư vấn và hỗ trợ doanh nghiệp về hoàn thuế GTGT, ông cho biết những vướng mắc thường gặp đối với hóa đơn GTGT đầu vào bị bỏ sót thuộc các kỳ đã được cơ quan thuế kiểm tra và giải quyết hoàn thuế?

Ông Trần Văn Quân: Trong quá trình tư vấn, chúng tôi ghi nhận tình huống doanh nghiệp có hóa đơn GTGT đầu vào hợp pháp, hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng do sơ suất kế toán nên chưa kê khai khấu trừ ở kỳ phát sinh.

Kỳ tính thuế đó đã được kiểm tra trước hoàn thuế và đã có quyết định hoàn thuế. Tuy nhiên, khi phát hiện hóa đơn bị bỏ sót và thực hiện kê khai tại kỳ hiện tại, nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn khi đưa vào hồ sơ đề nghị hoàn tiếp theo.

Đáng chú ý, điểm vướng mắc nằm ở cách ghi nhận và đối chiếu số liệu. Điển hình như: Doanh nghiệp có thể điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ tại chỉ tiêu [38] của tờ khai 01/GTGT (theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC), nhưng khi lập hồ sơ hoàn thuế, có trường hợp cơ quan Thuế chỉ xem xét số thuế đầu vào ghi nhận qua các chỉ tiêu [23], [24], [25] và không chấp nhận số điều chỉnh qua chỉ tiêu [38].

Theo tôi, khi đánh giá số thuế GTGT đầu vào có được hoàn hay không, cơ quan chức năng cần xét về bản chất giao dịch có thật, chứng từ hợp pháp, điều kiện khấu trừ, trường hợp hoàn thuế và khoản thuế đã được giải quyết trước đây hay chưa.

Việc kỳ phát sinh hóa đơn đã từng được kiểm tra hoàn thuế không nên được xem là căn cứ loại trừ hóa đơn chưa từng được kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế. Đồng thời, cơ chế giải quyết trường hợp này cần được cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn, làm rõ để thống nhất cách hiểu cả phía người nộp thuế và cơ quan Thuế trên phạm vi toàn quốc.

Phóng viên: Theo ông, doanh nghiệp có được kê khai bổ sung và đề nghị hoàn thuế đối với hóa đơn bỏ sót của kỳ trước vào kỳ phát hiện hay không?

Ông Trần Văn Quân: Trước hết cần phân biệt quyền kê khai bổ sung với quyền được hoàn thuế. Tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 ghi nhận việc khai bổ sung hồ sơ có sai, sót trong thời hạn 5 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai, sót.

Cần thống nhất cơ chế xử lý đối với hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào bỏ sót
Chuyên gia thuế Trần Văn Quân, Chủ tịch Công ty TNHH Tư vấn Vietnam Laws (VNLAWS).

Các quy định quản lý thuế hiện nay không có quy định nào loại trừ trường hợp hoá đơn kê khai sót mà thuộc kỳ phát sinh đã kiểm tra mất đi quyền kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế.

Đồng thời, theo hướng dẫn tờ khai 01/GTGT, trong những trường hợp phù hợp, số thuế còn được khấu trừ của các kỳ trước được điều chỉnh qua chỉ tiêu [37] hoặc [38] tại kỳ phát hiện sai, sót. Đây là cơ sở quan trọng để phân biệt việc điều chỉnh số liệu tại kỳ hiện tại với khai bổ sung hồ sơ kỳ gốc.

Theo tôi, cần tách 2 trường hợp:

Thứ nhất, doanh nghiệp muốn thay đổi khoản thuế đã nằm trong phạm vi kết luận kiểm tra, giải quyết hoàn (đây là chốt chặn ngăn cấm việc kê khai điều chỉnh kỳ đã kiểm tra).

Thứ hai, doanh nghiệp phát hiện hóa đơn hoàn toàn chưa từng kê khai, chưa đưa vào hồ sơ đề nghị hoàn, chưa được khấu trừ và giải quyết hoàn thuế. Trường hợp này cần cơ chế rà soát riêng trên cơ sở phạm vi kiểm tra thực tế, chứng từ và việc không phát sinh khấu trừ, hoàn trùng.

Tuy nhiên, không phải mọi hóa đơn bỏ sót đều được hoàn. Doanh nghiệp có quyền đề nghị cơ quan Thuế xem xét theo đúng thủ tục, còn kết quả phụ thuộc vào điều kiện khấu trừ tại Điều 14, trường hợp hoàn thuế tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng, các quy định chi tiết tại khoản 6, Điều 23 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP và giới hạn khai bổ sung theo pháp luật quản lý thuế.

Phóng viên: Ông có kiến nghị gì đối với cơ quan chức năng để phòng ngừa trường hợp hoàn thuế trùng lặp và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp?

Ông Trần Văn Quân: Tôi cho rằng vấn đề không đơn thuần là kỹ thuật lập tờ khai mà còn liên quan đến nguyên tắc bảo đảm quyền của người nộp thuế. Trường hợp phát hiện hóa đơn bỏ sót không làm giảm số thuế phải nộp đã xác định ở kỳ trước, không làm tăng số thuế đã hoàn và không làm thay đổi nội dung cơ quan Thuế đã kết luận, mà chỉ là số thuế đầu vào chưa từng được xem xét, thì cần có phương thức xử lý minh bạch, phù hợp bản chất kinh tế của giao dịch.

Để đảm bảo đúng quy định, trước hết cần phân biệt kỳ tính thuế đã được kiểm tra với hóa đơn, khoản thuế đã thực sự được kiểm tra và giải quyết. Cơ quan có thẩm quyền cần hướng dẫn cách xác định phạm vi kết luận kiểm tra đối với hóa đơn bỏ sót, không mặc nhiên xem mọi hóa đơn phát sinh trong một kỳ là khoản thuế đã được xử lý khi giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Tiếp đến, cơ quan chức năng cần hướng dẫn thống nhất cách đối chiếu số thuế điều chỉnh tăng với danh sách hóa đơn, chứng từ đầu vào trong hồ sơ tại chỉ tiêu [38] của tờ khai 01/GTGT đề nghị hoàn; chỉ rõ trường hợp nào phải khai bổ sung kỳ gốc, trường hợp nào được khai tại kỳ phát hiện và trường hợp nào cần giải trình, xử lý riêng do kỳ gốc đã được kiểm tra.

Cùng với đó, cơ quan Thuế cần xem xét thiết kế quy trình đối chiếu hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán, sổ kế toán, số thuế đã được khấu trừ, số thuế đã hoàn và kết luận kiểm tra trước đó nhằm bảo đảm không hoàn trùng và không làm mất hiệu lực quyết định đã ban hành.

Cuối cùng là, cơ quan chức năng cần có hướng dẫn thống nhất, đồng bộ trong việc áp dụng các quy định liên quan nhằm kiểm soát chặt chẻ những khoản hoàn không đủ điều kiện, nhưng cần có cơ chế để doanh nghiệp thực hiện quyền khấu trừ và hoàn thuế hợp pháp.

Xin cảm ơn ông!

Tin bài có thể bạn quan tâm

Thống nhất phân loại hàng hóa, tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp gỗ

Thống nhất phân loại hàng hóa, tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp gỗ

Trước phản ánh của Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam về tình trạng chưa thống nhất trong phân loại một số mặt hàng giữa các đơn vị hải quan địa phương, Cục Hải quan cho biết đang triển khai các giải pháp như thí điểm thông quan tập trung, ứng dụng trí tuệ nhân tạo (AI) hỗ trợ xác định mã số hàng hóa và tăng cường đào tạo nghiệp vụ.
Hải quan lấy hiệu quả hỗ trợ doanh nghiệp làm thước đo quan hệ đối tác

Hải quan lấy hiệu quả hỗ trợ doanh nghiệp làm thước đo quan hệ đối tác

Từ hướng dẫn thủ tục, giải đáp kiến nghị đến đối thoại trực tiếp với doanh nghiệp, ngành Hải quan đang mở rộng các kênh hỗ trợ để xử lý vướng mắc phát sinh trong hoạt động xuất nhập khẩu. Cùng với đó, việc công khai đầu mối tiếp nhận phản ánh, nâng cao trách nhiệm công vụ và tăng cường tham vấn doanh nghiệp góp phần đưa quan hệ đối tác đi vào thực chất.
Hoàn thiện quy định hải quan về gia công, sản xuất xuất khẩu

Hoàn thiện quy định hải quan về gia công, sản xuất xuất khẩu

Các quy định về cơ sở sản xuất, báo cáo quyết toán, phân định trách nhiệm quản lý và trình tự thực hiện thủ tục đang được rà soát để phù hợp hơn với hoạt động gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất.
Bài 3: Khi nền tảng thương mại số trở thành mắt xích thu thuế

Bài 3: Khi nền tảng thương mại số trở thành mắt xích thu thuế

Cơ chế khấu trừ, kê khai và nộp thuế thay đang đưa các nền tảng thương mại điện tử tham gia trực tiếp hơn vào quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế của người kinh doanh. Tuy nhiên, từ xử lý đơn hàng hoàn trả, đối chiếu số thuế đã nộp giữa nhiều nền tảng đến quản lý giao dịch xuyên biên giới, thực tiễn đặt ra yêu cầu hoàn thiện cơ chế phối hợp và chia sẻ dữ liệu. Theo đó, trách nhiệm của nền tảng cần được gắn với khả năng hỗ trợ người nộp thuế kiểm tra, giải trình và điều chỉnh sai lệch, hướng tới bảo đảm nghĩa vụ thuế công bằng giữa các chủ thể kinh doanh.
Bài 2: Doanh thu thật nằm ở đâu trong dòng tiền bán hàng online?

Bài 2: Doanh thu thật nằm ở đâu trong dòng tiền bán hàng online?

Giá trị đơn hàng, số tiền nền tảng thu hộ và khoản tiền thực chuyển cho người bán có thể chênh lệch đáng kể do phí dịch vụ, khuyến mại, hoàn trả hàng và những khoản điều chỉnh khác, trong khi hoạt động kinh doanh đồng thời trên nhiều nền tảng khiến việc xác định doanh thu tính thuế ngày càng phức tạp. Yêu cầu đặt ra không chỉ là kiểm soát đầy đủ nguồn thu, mà còn phải xác định chính xác bản chất từng khoản tiền, tránh thất thu nhưng không làm phát sinh nghĩa vụ thuế trùng lặp.
Hải quan làm rõ điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng

Hải quan làm rõ điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng

Theo cơ quan Hải quan, việc sản phẩm được xuất khẩu sau khi hàng hóa nhập khẩu được đưa vào sản xuất không đồng nghĩa với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu để áp dụng chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Với Công ty TNHH xây dựng và dịch vụ tổng hợp Kim Ngân (Công ty Kim Ngân), việc xem xét khoản thuế đã nộp phải căn cứ vào loại hình khai báo, hồ sơ hải quan, hợp đồng và mục đích sử dụng hàng hóa.
Hải quan triển khai áp dụng mức thuế mới đối với xăng, dầu

Hải quan triển khai áp dụng mức thuế mới đối với xăng, dầu

Cục Hải quan vừa có công văn hỏa tốc yêu cầu các chi cục hải quan khu vực triển khai Nghị quyết số 43/2026/NQ-CP, trong đó kéo dài thời hạn áp dụng thuế nhập khẩu ưu đãi, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng đối với xăng, dầu, nguyên liệu sản xuất xăng, dầu và nhiên liệu bay đến hết ngày 31/12/2026.
Gặp thiên tai, hỏa hoạn, hộ kinh doanh có được giảm thuế?

Gặp thiên tai, hỏa hoạn, hộ kinh doanh có được giảm thuế?

Với hộ kinh doanh chịu ảnh hưởng bởi thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn hoặc bệnh hiểm nghèo, chính sách thuế thu nhập cá nhân (TNCN) cho phép giảm thuế tương ứng với mức độ thiệt hại. Tuy nhiên, việc xem xét được giảm thuế chỉ có thể thực hiện trên cơ sở hồ sơ chứng minh đầy đủ sự kiện, thiệt hại và chi phí liên quan.
EMAGAZINE: Bài 1 - Nhận diện người kinh doanh trong "ma trận" giao dịch số

EMAGAZINE: Bài 1 - Nhận diện người kinh doanh trong "ma trận" giao dịch số

Những vụ việc kinh doanh trực tuyến bị phát hiện để ngoài sổ sách hàng trăm, thậm chí hàng nghìn tỷ đồng doanh thu cho thấy thách thức trong nhận diện và quản lý người kinh doanh trên môi trường số. Khi một cá nhân có thể đồng thời bán hàng qua nhiều nền tảng và sử dụng nhiều tài khoản thanh toán, yêu cầu đặt ra là phải xác định đúng chủ thể phát sinh nghĩa vụ thuế, thay vì chỉ quản lý những tài khoản bán hàng riêng lẻ.
Nên áp thuế với hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất cùng một phương thức

Nên áp thuế với hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất cùng một phương thức

Chính sách thuế đối với hàng hóa thực hiện theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất đang có những phương thức áp dụng khác nhau. Thực tiễn này đặt ra yêu cầu tiếp tục rà soát, hoàn thiện quy định trong dự thảo Nghị định thay thế Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.
Rà soát Danh mục hàng hóa phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập

Rà soát Danh mục hàng hóa phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập

Mặc dù Quyết định số 31/2026/QĐ-TTg đã tạo cơ sở pháp lý cho việc quản lý hàng hóa phải làm thủ tục tại cửa khẩu nhập, nhưng theo Cục Hải quan, Danh mục vẫn cần được rà soát để phù hợp yêu cầu quản lý mới. Trên cơ sở đó, dự thảo Thông tư được xây dựng, kế thừa những nội dung còn phù hợp của Quyết định số 31/2026/QĐ-TTg và điều chỉnh những nhóm hàng cần thiết.
Hàng xuất khẩu quay vào nội địa, thuế tiêu thụ đặc biệt tính thế nào?

Hàng xuất khẩu quay vào nội địa, thuế tiêu thụ đặc biệt tính thế nào?

Theo chuyên gia, khi hàng hóa đã được mua hoặc nhận ủy thác để xuất khẩu nhưng không thực tế ra nước ngoài mà chuyển về tiêu thụ trong nước, điểm đến của hàng hóa trở thành căn cứ quan trọng để xác định nghĩa vụ thuế. Điều này được quy định cụ thể tại Thông tư số 136/2026/TT-BTC, hàng thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt khi tiêu thụ trong nước phải kê khai, nộp thuế.
Thương hiệu mạnh giúp doanh nghiệp gia tăng giá trị xuất khẩu

Thương hiệu mạnh giúp doanh nghiệp gia tăng giá trị xuất khẩu

Tám tháng năm 2026, xuất khẩu hàng hóa của Việt Nam đạt 374,84 tỷ USD, trong đó hàng công nghiệp chế biến chiếm 90,2%. Khi hàng Việt ngày càng tham gia sâu vào chuỗi cung ứng toàn cầu, bài toán không chỉ là xuất khẩu được bao nhiêu, mà quan trọng hơn là doanh nghiệp giữ lại được bao nhiêu giá trị. Ở đó, thương hiệu là mắt xích nối công nghệ, chất lượng, sở hữu trí tuệ với niềm tin và khả năng định giá.
Tạm nộp thuế thu nhập cá nhân sẽ tạo thuận lợi khi quyết toán và hoàn thuế

Tạm nộp thuế thu nhập cá nhân sẽ tạo thuận lợi khi quyết toán và hoàn thuế

Chi cục Thuế Thương mại điện tử (TMĐT) - Cục Thuế vừa có Công văn số 458/TMDT-THNV về việc đẩy mạnh tuyên truyền, hướng dẫn hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện tạm nộp thuế thu nhập cá nhân (TNCN). Các chuyên gia cho rằng, việc này giúp người nộp thuế thực hiện đúng quy định, tránh tình trạng lúng túng khi thực hiện quyết toán thuế cuối năm.
Quản lý thực phẩm bằng dữ liệu: Giảm khai báo, tăng thuận lợi cho doanh nghiệp

Quản lý thực phẩm bằng dữ liệu: Giảm khai báo, tăng thuận lợi cho doanh nghiệp

Không xây dựng thêm một hệ thống truy xuất nguồn gốc riêng, Bộ Công Thương đề xuất hình thành cơ sở dữ liệu về thực phẩm có khả năng kết nối, chia sẻ với nhiều hệ thống dữ liệu khác. Thay đổi này không chỉ đặt ra yêu cầu mới trong quản lý thực phẩm mà còn có thể tác động trực tiếp đến chi phí, quy trình tuân thủ và khả năng đáp ứng yêu cầu thị trường của doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Phóng viên Tạp chí Kinh tế - Tài chính đã trao đổi với ThS. Nguyễn Thị Lan Anh, Khoa Kinh tế, Học viện Tài chính về vấn đề này.