Quản lý địa bàn có nhiều cửa khẩu cảng biển, sân bay quốc tế với lưu lượng hàng hóa lớn, công tác đấu tranh chống buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua cửa khẩu cảng biển, sân bay luôn được Chi cục Hải quan khu vực II xác định là nhiệm vụ xuyên suốt và trọng yếu.