Được hợp nhất từ Chi cục Hải quan Khu chế xuất Tân Thuận và Chi cục Hải quan quản lý hàng gia công, Hải quan Khu chế xuất Tân Thuận hiện quản lý và làm thủ tục cho hơn 1.200 doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất.