Mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh

Để thực hiện Điều 8 Hiệp định Chung về Thuế quan và Thương mại (GATT), Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân nộp phí hải quan và lệ phí hàng hoá, phương tiện vận tải quá cảnh; tổ chức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh; tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh.

Thông tư 86/2025/TT-BTC cũng quy định cụ thể người nộp phí, lệ phí là các tổ chức, cá nhân thực hiện khai và nộp tờ khai hải quan hoặc chứng từ thay thế tờ khai hải quan (sau đây gọi là tờ khai) đối với hàng hóa XNK, phương tiện vận tải XNK; tổ chức, cá nhân đề nghị cấp sổ tạm quản (sổ ATA) đối với hàng hóa tạm xuất, tái nhập theo Nghị định 64/2020/NĐ-CP hướng dẫn việc thực hiện cơ chế tạm quản theo Công ước Istanbul.

Ngoài ra, người nộp phí, lệ phí còn là các chủ thể quyền sở hữu trí tuệ đã được bảo hộ hoặc người được ủy quyền hợp pháp khi nộp đơn đề nghị kiểm tra, giám sát hàng hóa XNK có yêu cầu bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ; đơn đề nghị gia hạn thời hạn áp dụng biện pháp kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa có yêu cầu bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ; đơn đề nghị tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNK có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của pháp luật về sở hữu trí tuệ và pháp luật về hải quan; người nộp lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh là tổ chức, cá nhân khai và nộp tờ khai đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh Việt Nam.

Đối với tổ chức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, Thông tư 86/2025/TT-BTC nêu rõ là cơ quan Hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan; tổ chức được cơ quan Hải quan ủy nhiệm thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh (bao gồm cả Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) thu phí hải quan cấp sổ ATA).

Công chức Hải quan cửa khẩu Tân Thanh (Chi cục Hải quan khu vực VI) quản lý phương tiện vận tải xuất cảnh. Ảnh: H. Nụ

Đáng lưu ý, Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định đối tượng được miễn phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh đối với tổ chức, cá nhân thực hiện thủ tục hải quan XNK, quá cảnh hàng hóa, XNC, quá cảnh phương tiện vận tải trong các trường hợp: Hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, cá nhân (được miễn thuế trong định mức theo quy định); quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người. Hoặc là hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới trong định mức miễn thuế theo quy định; phương tiện vận tải của cư dân biên giới được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi, không quản lý bằng tờ khai.

Đồng thời, àng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, hàng hóa XNK và phương tiện vận tải XNC được miễn phí, lệ phí theo quy định tại các điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc cam kết của Chính phủ Việt Nam.

Mức thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định tại Biểu mức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh ban hành kèm theo thông tư này.

Theo Thông tư 86/2025/TT-BTC, người nộp phí, lệ phí thực hiện nộp phí, lệ phí theo quy định khi: Đăng ký tờ khai đối với hàng hóa XNK, quá cảnh; phương tiện vận tải XNC, quá cảnh; đề nghị cấp sổ ATA đối với hàng hóa tạm xuất, tái nhập theo quy định tại Nghị định 64/2020/NĐ-CP.

Hoặc người nộp phí, lệ phí thực hiện nộp phí, lệ phí khi nộp đơn đề nghị kiểm tra, giám sát hàng hóa XNK có yêu cầu bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ; đơn đề nghị gia hạn thời hạn áp dụng biện pháp kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa có yêu cầu bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ; đơn đề nghị tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNK có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của pháp luật về sở hữu trí tuệ và pháp luật về hải quan.

Phương tiện vận tải hàng hóa nhập cảnh tại cửa khẩu quốc tế Cầu Treo. Ảnh: H.Nụ

Ngoài ra, người nộp phí, lệ phí thực hiện nộp phí vào tài khoản phí chờ nộp NSNN của cơ quan Hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước và nộp lệ phí vào NSNN bằng tiền mặt hoặc nộp bằng hình thức thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định pháp luật về quản lý thu, chỉ qua hệ thống Kho bạc Nhà nước, thu nộp tiền phí, lệ phí đối với hàng hóa XNK, quá cảnh và phương tiện XNC, quá cảnh.

Người nộp phí, lệ phí có thể thực hiện nộp phí, lệ phí bằng tiền mặt hoặc nộp bằng hình thức thanh toán không dùng tiền mặt cho tổ chức được cơ quan Hải quan ủy nhiệm thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh theo quy định.

Trường hợp đăng ký tờ khai nhiều lần trong tháng, người nộp phí, lệ phí đăng ký với tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện nộp phí, lệ phí theo tháng. Theo đó, căn cứ danh sách các tờ khai phải nộp phí, lệ phí do cơ quan Hải quan thông báo, chậm nhất là ngày thứ 10 của tháng tiếp theo, người nộp phí, lệ phí phải nộp phí, lệ phí cho tổ chức thu phí, lệ phí theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Thông tư 86/2025/TT-BTC.

Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định đối với việc ủy nhiệm thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh được thực hiện theo quy định ủy nhiệm thu thuế và các khoản thu khác thuộc NSNN do cơ quan quản lý thuế thu theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 126/2020/NĐ-CP.

Trong đó, tổ chức được ủy nhiệm thu phí, lệ phí nộp số tiền lệ phí thu được vào NSNN và nộp số tiền phí thu được vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của cơ quan Hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước theo hợp đồng ủy nhiệm thu, quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP, Nghị định 11/2020/NĐ-CP quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước và quy định của pháp luật có liên quan.